Generowanie szablonu dla projektu doxygen: doxygen -g nazwa_projektu.dox Następnie modyfikujemy plik nazwa_projektu.dox wyszukując odpowiednie pola i nadając im nazwy. Wybrane pola wraz z ustawieniami dla przykładowego projektu: PROJECT_NAME = „Nazwa projektu” FULL_PATH_NAMES = NO EXTRACT_ALL = YES EXTRACT_PRIVATE = YES EXTRACT_STATIC = YES INPUT = README.md FILE_PATTERNS = *.cpp *.hpp *.c *.hh *.md EXAMPLE_PATH = ./ FILTER_SOURCE_FILES = YES GENERATE_LATEX = NO Generowanie dokumentacji: doxygen nazwa_projektu.dox